一种过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法
技术特征：
1.一种过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，包括：
2.如权利要求1所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，基于r语言编写的5个函数分别为revcomplement函数、alignmentlength函数、anyshortseq函数、degap函数、masksegment函数；
3.如权利要求2所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，利用所述revcomplement函数纠正矩阵中反向互补序列的方法包括：通过将每个矩阵中的一条序列与其余所有序列进行相似性搜索，获得相似性搜索结果文件；
4.如权利要求2所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，利用所述alignmentlength函数筛选符合长度阈值的矩阵的方法包括：通过直接判断矩阵总长度，矩阵总长度大于等于设置阈值长度时，将矩阵输出在一个新文件夹中；矩阵总长度小于设置阈值长度的矩阵选择输出在一个新文件夹中。
5.如权利要求2所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，利用所述anyshortseq函数删除矩阵中存在的短序列的方法包括：
6.如权利要求2所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，利用所述degap函数删除矩阵中缺失区段的方法包括：
7.如权利要求2所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，利用所述masksegment函数屏蔽矩阵中高度变异、比对不可靠的片段的方法包括：
8.如权利要求7所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，计算随机相似性概率p的方法为：
9.如权利要求7所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，计算随机排列相似性rs的方法为：
10.如权利要求7所述的过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，其特征在于，计算成对相似性得分ps的方法为：
技术总结
本发明公开了一种过滤核苷酸多序列比对矩阵中低质量序列的方法，包括：基于R语言编写了5个函数，分别为revComplement函数、alignmentLength函数、anyShortseq函数、degap函数、maskSegment函数；revComplement函数用于纠正矩阵中反向互补序列；alignmentLength函数用于筛选符合长度阈值的矩阵；anyShortseq函数用于删除矩阵中存在的短序列；degap函数用于删除矩阵中缺失达到预设阈值的列；maskSegment函数用于屏蔽矩阵中高度变异、比对不可靠的片段。
技术研发人员：张强,覃信梅,卢永彬,李鹏伟,羊学荣,黄夕洋
受保护的技术使用者：广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/11/18
技术研发人员：张强,覃信梅,卢永彬,李鹏伟,羊学荣,黄夕洋
技术所有人：广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所
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