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髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法及系统

2025-04-24 16:20:01 231次浏览

技术特征:

1.一种髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型的方法,其特征在于,包括如下步骤:

2.如权利要求1所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,步骤s1具体为:

3.如权利要求2所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,基于netclass分析方法,利用蛋白相互作用网络的信息,将基因表达数据和蛋白网络拓扑结构进行集成,具体步骤为:

4.如权利要求2所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,将通过ssgsea方法得到的伪单细胞结果,结合基因表达数据对样本进行相似网络融合snf分析的方法为:

5.如权利要求2所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,采用r语言中的survival包和ggplot2包,estimate包,msigdbr包,mcpcounter包,分别对mb患者的生存数据进行可视化分析,对基因表达数据进行肿瘤微环境的评估,获取物种的基因组学数据库中与生物学过程相关的基因集合数据,对肿瘤微环境中不同细胞类型的丰度进行评估的步骤为:

6.如权利要求2所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,步骤s3中,使用glmnet包中的glmnet函数,对基因表达数据进行多分类的lasso回归分析的方法为:

7.如权利要求2所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,基于基因表达数据,利用r软件包l imma进行分组间差异表达基因deg分析,获取样本组间数据表达的差异情况;利用r软件包goplot绘制气泡图,观察通路富集的情况,具体步骤如下:

8.如权利要求2所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,步骤s4通过单细胞组学分析进行免疫微环境分型和生物学特征筛选筛选的验证的方法为:

9.如权利要求1所述的髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法,其特征在于,结合收集到的注释信息,对降维聚类的细胞亚群进行注释的方法如下:

10.一种髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型系统,其特征在于,包括处理单元,所述处理单元执行权利要求1-9之一所述方法,进行髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型。


技术总结
本发明属于生物医学技术领域,具体公开了一种髓母细胞瘤的免疫微环境差异检测并分型方法及系统,该方法采集患髓母细胞瘤的样本的基因表达数据引入蛋白相互作用网络,再结合伪单细胞化的表达数据,通过相似性网络融合分析进行无监督聚类,确定髓母细胞瘤中不同的免疫微环境亚型,随后通过l asso进行机器学习对不同的免疫微环境亚型进行生物学特征筛选;最后进行单细胞组学分析。采用本技术方案,通过免疫微环境分型和marker筛选的验证,获取髓母细胞瘤的免疫特征和潜在治疗靶点,为疾病的治疗和预后评估提供新的思路和方法。

技术研发人员:尹晴,李禄生,寸玉鹏,范金花
受保护的技术使用者:重庆医科大学附属儿童医院
技术研发日:
技术公布日:2024/12/5
文档序号 : 【 40236778 】

技术研发人员:尹晴,李禄生,寸玉鹏,范金花
技术所有人:重庆医科大学附属儿童医院

备 注:该技术已申请专利,仅供学习研究,如用于商业用途,请联系技术所有人。
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尹晴李禄生寸玉鹏范金花重庆医科大学附属儿童医院
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