作为症状前神经变性疾患监测诊断的来自无细胞DNA的神经元甲基化标记的制作方法

1.一种治疗受试者的方法，其中所述受试者患有神经变性疾患或处于患神经变性疾患的风险中，所述方法包括：

2.如权利要求1所述的方法，其中步骤(ii)包括分析dna的整个扩增子的甲基化模式。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述整个扩增子的长度为至少约50个碱基对(bp)。

4.如权利要求3所述的方法，其中所述整个扩增子的长度介于约50至约500个碱基对之间。

5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中当所述来自神经元的无细胞dna的百分比大于约5％时，施用所述治疗剂。

6.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中当所述来自神经元的无细胞dna的百分比大于约7％时，施用所述治疗剂。

7.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中当所述来自神经元的无细胞dna的百分比大于约9％时，施用所述治疗剂。

8.一种治疗受试者的方法，其中所述受试者患有神经变性疾患或处于患神经变性疾患的风险中，所述方法包括：

9.一种分析受试者的生物样本的方法，所述方法包括：

10.一种测量受试者的神经元细胞死亡的方法，所述方法包括：

11.一种选择患者用于使用治疗神经变性疾患的治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：

12.如权利要求8至11中任一项所述的方法，其中步骤(ii)包括分析dna的整个扩增子的甲基化模式。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述整个扩增子的长度为至少约50个碱基对(bp)。

14.如权利要求13所述的方法，其中所述整个扩增子的长度介于约50至约500个碱基对之间。

15.如权利要求10至14中任一项所述的方法，其中当所述来自神经元的无细胞dna的百分比大于约5％时，选择所述患者用于治疗。

16.如权利要求15所述的方法，其中当所述来自神经元的无细胞dna的百分比大于约7％时，选择所述患者用于治疗。

17.如权利要求15所述的方法，其中当所述来自神经元的无细胞dna的百分比大于约9％时，选择所述患者用于治疗。

18.如权利要求1至17中任一项所述的方法，其中来自神经元的无细胞dna的百分比大于所述对照指示神经变性疾患或外伤性脑损伤的风险增加。

19.一种计算机产品，其包括存储多个指令的非暂时性计算机可读介质，所述指令在被执行时控制计算机系统来分析来自受试者的生物样本以确定所述受试者中的神经变性疾患的风险，所述生物样本包含无细胞dna，所述指令包括：

20.一种确定神经变性疾患的潜在治疗的功效的方法，所述方法包括：

21.如权利要求20所述的方法，其中重复步骤(i)-(iv)至少一次。

22.如权利要求21所述的方法，其中每周重复步骤(i)-(iv)。

23.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中确定来自神经元的无细胞dna的百分比包括将所述无细胞dna的所述甲基化模式与神经元dna甲基化模式进行比较，其中所述神经元dna甲基化模式包括在一个或多个甲基化区域的甲基化，并且任选地包括在一个或多个未甲基化区域的不甲基化。

24.一种分析生物样本的计算机实施的方法，包括：

25.如权利要求20至24中任一项所述的方法，其中步骤(ii)包括分析dna的整个扩增子的甲基化模式。

26.如权利要求25所述的方法，其中所述整个扩增子的长度为至少约50个碱基对(bp)。

27.如权利要求26所述的方法，其中所述整个扩增子的长度介于约50至约500个碱基对之间。

28.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述对照是来自未治疗受试者的血液样本中来自神经元的无细胞dna的百分比、来自治疗之前来自所述受试者的血液样本中来自神经元的无细胞dna的百分比，或者阈值。

29.如权利要求28所述的方法，其中所述阈值是大于约5％的来自神经元的无细胞dna的百分比。

30.如权利要求28所述的方法，其中所述阈值是大于约7％的来自神经元的无细胞dna的百分比。

31.如权利要求28所述的方法，其中所述阈值是大于约9％的来自神经元的无细胞dna的百分比。

32.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述神经变性疾病选自阿尔茨海默氏病、亨廷顿氏病、帕金森病，肌萎缩侧索硬化(als)、共济失调、多发性硬化、多系统萎缩或脑震荡。

33.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述神经元是运动神经元、感觉神经元、中间神经元、多巴胺能神经元、胆碱能神经元、gaba能神经元、谷氨酸能神经元或皮质神经元。

34.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述神经元来自所述前脑、中脑或后脑。

35.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述神经元来自所述额叶、颞叶、顶叶、枕叶、小脑或脑干。

36.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中分析所述甲基化模式包括将所述无细胞dna中的5-甲基胞嘧啶转化为不同的核苷酸。

37.如权利要求36所述的方法，其中转化包括亚硫酸氢盐转化或酶转化。

38.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者患有轻度认知损害。

39.如以上权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者的年龄超过45岁。

40.如以上权利要求中任一项所述的方法，包括选择年龄超过45岁的受试者。

41.如权利要求40所述的方法，其中所述受试者没有神经变性疾患的症状。

42.如以上权利要求中任一项所述的方法，包括选择患有轻度认知损害的受试者。

43.一种治疗患有轻度外伤性脑损伤的受试者的方法，包括：

44.如权利要求43所述的方法，其中治疗所述受试者包括施用治疗轻度外伤性脑损伤的一种或多种症状的治疗剂。

45.如权利要求43或44所述的方法，还包括在治疗后的时间点重复步骤(ii)至(v)。

46.如权利要求45所述的方法，其中当在所述时间点的所述来自神经元的无细胞dna的百分比小于或等于所述对照时，中断治疗。

47.如权利要求46所述的方法，其中当在所述时间点的所述来自神经元的无细胞dna的百分比大于所述对照时，继续治疗。

48.一种试剂盒，包含第一多个寡核苷酸，其中所述第一多个寡核苷酸中的每个寡核苷酸能够与神经元细胞中优先甲基化的区域杂交。

49.如权利要求48所述的试剂盒，还包含第二多个寡核苷酸，其中所述第二多个寡核苷酸中的每个寡核苷酸能够与神经元细胞中优先未甲基化的区域杂交。

50.如权利要求48或49所述的试剂盒，所述试剂盒用于确定神经变性疾病或疾患的潜在治疗的功效。

51.如权利要求50所述的试剂盒，其中所述神经变性疾病或疾患选自阿尔茨海默氏病、亨廷顿氏病、帕金森病，肌萎缩侧索硬化(als)、共济失调、多发性硬化、多系统萎缩或脑震荡。

52.如权利要求48至51中任一项所述的试剂盒，其中所述神经元是运动神经元、感觉神经元、中间神经元、多巴胺能神经元、胆碱能神经元、gaba能神经元、谷氨酸能神经元或皮质神经元。

53.如权利要求48至52中任一项所述的试剂盒，其中所述神经元来自所述前脑、中脑或后脑。

54.如权利要求48至53中任一项所述的试剂盒，其中所述神经元来自所述额叶、颞叶、顶叶、枕叶、小脑或脑干。

55.如权利要求48至54中任一项所述的试剂盒，其中所述多个寡核苷酸包括具有seqid no:3-6中任一个的核苷酸序列的一个或多个寡核苷酸。

56.一种检测血液样本中来自神经元的无细胞dna的方法，包括：

57.如权利要求56所述的方法，其中所述整个扩增子的长度为至少约50个碱基对(bp)。

58.如权利要求57所述的方法，其中所述整个扩增子的长度介于约50至约500个碱基对之间。

59.如权利要求56至58中任一项所述的方法，其中使用包含seq id no:3-6中任一个的所述序列的一个或多个引物来产生所述整个扩增子。

60.如权利要求56至59中任一项所述的方法，其中使用靶向选自表1所列区域中的区域的一个或多个引物来产生所述整个扩增子。

61.一种确定扩增子的所述甲基化状态的方法，包括：

62.如权利要求61所述的方法，其中使用包含seq id no:3-6中任一个的所述序列的一个或多个引物来产生所述整个扩增子。

63.如权利要求61所述的方法，其中使用靶向选自表1所列区域中的区域的一个或多个引物来产生所述整个扩增子。