一种用于梅山猪血统鉴定的SNP分子标记组合及其应用

本发明属于基因芯片，具体涉及一种用于梅山猪血统鉴定的snp分子标记组合及其应用。

背景技术：

1、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)分子标记，因其数量多、分布广、多态性丰富和易于检测等优势，在农业育种等领域有着广泛的应用。

2、现有猪的商品化的snp芯片主要包括基于国外基于iliiumina平台的geneseek公司开发的porcinesnp60k、ggp-porcinehd68k和康普森公司设计的compassporcinesnp55k的商业化固相芯片，已经被育种企业和科研单位广泛采用，主要应用于商品种猪的基因组选择、种质资源遗传多样性分析、基因组关联分析等。这些固相芯片snp密度普遍较高，因而分型成本较高。同时由于这些芯片主要基于国外猪种设计，在我国地方猪种资源的应用中存在一些限制。

3、梅山猪是中国优良猪种太湖猪的一个品系，饲养历史悠久，根据上海嘉定县志记载，在该县已有近500年的历史，它是目前已知世界上产仔数最多的猪种，最高纪录产仔33头，享有“国宝”之誉。但目前对于梅山猪个体的血统精准鉴定，尚未有合适的snp芯片检测手段和分析方法。在当前我国实施种业振兴计划的背景下，建立我国地方品种种质资源的精准鉴定方法，是目前保种企业及畜禽资源基因库建设急需解决的问题。

技术实现思路

1、本发明的目的在于解决上述背景技术的不足，提供一种用于梅山猪血统鉴定的snp分子标记组合，利用其并基于靶向捕获芯片基因分型技术，可实现对梅山猪个体的血统精准分析。

2、本发明的技术方案如下：

3、一种用于梅山猪血统鉴定的snp分子标记组合，所述snp分子标记组合由1000个snp分子标记组成，所述snp分子标记在猪参考基因组sus scrofa 11.1上的物理位置和编号见表1：

4、表1.上海梅山猪1000个snp分子标记位置

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10、注：snp物理位置均以染色体_物理位置表示。例如第1个snp的物理位置为1_145976572，表示在猪参考基因组的1号染色体上的145976572碱基处。

11、所述snp分子标记是通过筛选梅山猪与其它24个国内外猪种，总计1248个个体的基因型数据进行筛选获得的。筛选的方法是在梅山猪品种(mms)与其它品种间最小等位基因频率(maf)差值的绝对值(△maf)排序最高的snp位点，这些位点可以理解为是最具有梅山猪品种信息量代表性的snp位点(breed-informative snps)。

12、一种用于梅山猪血统鉴定的snp芯片，所述snp芯片上设有检测上述snp分子标记组合的探针。

13、进一步，所述snp芯片为液相芯片。

14、上述snp芯片在梅山猪血统鉴定中的应用。所述梅山猪血统鉴定包括梅山猪的品种鉴定和亲缘关系鉴定。

15、本发明的有益效果：

16、本发明提供了一种用于梅山猪血统鉴定的snp分子标记组合，利用其并基于靶向捕获芯片基因分型技术，可实现对梅山猪个体的血统精准分析。

1.一种用于梅山猪血统鉴定的snp分子标记组合，其特征在于，所述snp分子标记组合由1000个snp分子标记组成，所述snp分子标记在猪参考基因组sus scrofa 11.1上的物理位置和编号如说明书表1所示。

2.一种用于梅山猪血统鉴定的snp芯片，其特征在于，所述snp芯片上设有检测权利要求1所述snp分子标记组合的探针。

3.如权利要求2所述的用于梅山猪血统鉴定的snp芯片，其特征在于，所述snp芯片为液相芯片。

4.权利要求2或3所述的snp芯片在梅山猪血统鉴定中的应用。

5.如权利要求4所述的应用，其特征在于，所述梅山猪血统鉴定包括梅山猪的品种鉴定和亲缘关系鉴定。