一种基于高通量测序的肿瘤单样本体细胞突变判别及单样本肿瘤突变负荷检测方法与流程

1.一种基于高通量测序的肿瘤单样本体细胞突变的判别方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的判别方法，其特征在于，所述构建正常群体数据库包括：对正常群体样本进行外显子捕获测序和质控，将质控后的正常群体样本测序数据与人类参考基因组进行比对和过滤，得到正常群体样本bam文件；

3.根据权利要求1或2所述的判别方法，其特征在于，所述正常群体胚系突变数据库筛选包括：在所述肿瘤样本突变vcf文件的基础上，过滤去除所述正常群体胚系突变数据库中的胚系突变，得到去除胚系突变的正常群体胚系突变数据。

4.根据权利要求3所述的判别方法，其特征在于，所述人类公共数据库筛选包括：在所述去除胚系突变的正常群体胚系突变数据的基础上，去除gnomad数据库外显子测序数据中人群频率大于1％的突变位点，去除dbsnp数据库中标注为“common”的突变位点和去除clinvar数据库中标注为“germline”来源的突变位点。

5.根据权利要求4所述的判别方法，其特征在于，在所述人类公共数据库筛选后，所述假阳性突变特征筛选包括如下多项中至少一项：

6.根据权利要求1所述的判别方法，其特征在于，所述肿瘤单样本纯度的获得包括如下步骤：

7.根据权利要求1或2所述的判别方法，其特征在于，所述正常群体样本包括正常人组织样本、正常人血液细胞样本、肿瘤患者血液细胞样本和肿瘤患者癌旁样本中的一种或多种。

8.根据权利要求1所述的判别方法，其特征在于，所述人类参考基因组的版本包括hg19基因组。

9.一种单样本肿瘤突变负荷评估模型的构建方法，其特征在于，基于权利要求1-8任一项所述的判别方法获得体细胞突变数据和外显子捕获测序捕获区域，按照预定的公式(1)进行肿瘤突变负荷的计算：

10.一种计算机可读存储介质，所述计算机可读存储介质上存储有计算机程序或指令，其特征在于，所述计算机程序或指令被处理器执行时实现权利要求1-9任一项所述方法的步骤。

11.一种计算机程序产品，包括计算机程序或指令，其特征在于，所述计算机程序或指令被处理器执行时实现权利要求1-9任一项所述方法的步骤。

12.权利要求1-9任一项所述的方法、权利要求10所述的计算机可读存储介质或权利要求11所述的计算机程序产品在制备指导肿瘤免疫治疗用药的产品中的应用。